Kustićeva karijera od samih je početaka vezana za nogomet - kao nogometaš uspješno je nastupao za NK Novalju u 2. i 3. Hrvatskoj nogometnoj ligi, a nakon igračke karijere obavljao je dužnost direktora istog kluba.
Nogometnu dužnosničku karijeru nastavio je razvijati na regionalnoj, a potom i nacionalnoj razini. Predsjednik je Županijskog nogometnog saveza Ličko-senjskog, kao i Međužupanijskog nogometnog odbora Nogometnog središta Rijeka. Skupština HNS-a izabrala ga je 2014. godine za članstvo u Izvršnom odboru HNS-a, a potom i za dopredsjednika Saveza.
Od siječnja 2018. godine obnašao je dužnost HNS-ovog direktora natjecanja i infrastrukture, a u njegovom mandatu uspješno je okončan najveći infrastrukturni projekt HNS-a u povijesti - rekonstrukcija pet travnjaka na prvoligaškim stadionima u Puli, Koprivnici, Zaprešiću i Zagrebu (Kranjčevićeva i Maksimir).
Od travnja 2019. godine, Kustić je obnašao funkciju izvršnog direktora HNS-a. Nakon imenovanja na funkciju izvršnog direktora, Kustić je napustio mjesto zastupnika u 9. sazivu Hrvatskog sabora gdje mu je mandat počeo u lipnju 2017. godine.
29. srpnja 2021. godine, na izbornoj sjednici Skupštine HNS-a, Kustić je jednoglasno izabran za novog predsjednika Hrvatskog nogometnog saveza, nakon što su njegovu kandidaturu podržali svi županijski nogometni savezi. Tijekom tog predsjedničkog mandata, hrvatska nogometna reprezentacija osvojila je brončanu medalju na FIFA Svjetskom prvenstvu u Kataru 2022. godine te srebrnu medalju u Uefinoj Ligi nacija 2023. godine, a uspješno se plasirala i na UEFA EURO 2024. godine. Također, potpisan je rekordan ugovor za TV prava, nastavljena su velika ulaganja u nogometnu infrastrukturu diljem zemlje te su odrađene brojne predradnje za izgradnju nacionalnog nogometnog kampa u Velikoj Gorici.
3. veljače 2025. godine, na izbornoj sjednici Skupštine HNS-a Kustić je uz jednoglasnu podršku dobio novi mandat na čelu krovne kuće hrvatskog nogometa.
Kustić je nakon završenog preddiplomskog stručnog studija "Financije i pravo" na visokoj školi Effectus stekao stručni naziv stručnog prvostupnika ekonomije, da bi 2022. godine uspješno završio specijalistički diplomski stručni studij "Poslovno upravljanje - MBA" i tako stekao naziv stručni specijalist poslovnog upravljanja.
Marijan Kustić nositelj je odlikovanja Reda Danice hrvatske s likom Franje Bučara koje mu je uručila predsjednica Republike Hrvatske Kolinda Grabar-Kitarović za doprinos iznimnom uspjehu hrvatske nogometne reprezentacije na FIFA Svjetskom prvenstvu u Rusiji gdje je osvojena srebrna medalja. U svibnju 2024., Kustić je primio Povelju Republike Hrvatske za izniman uspjeh hrvatske nogometne reprezentacije, promociju sporta i međunarodnog ugleda Republike Hrvatske te osvajanje trećeg mjesta na 22. FIFA Svjetskom nogometnom prvenstvu u Kataru.
