Klubovi su od Odjela za licenciranje klubova HNS-a preuzeli paket dokumenata o licenciranju, upitnike i obrasce koji se trebaju ispuniti i dostaviti uz molbu za licencu za odgovarajući stupanj natjecanja. Jedinstveni rok za podnošenje molbi s potrebnom dokumentacijom za UEFA natjecanja te natjecanje u Prvoj i Drugoj HNL je 31. siječanj 2013. time da se nakon toga roka dostavlja samo dopuna financijske dokumentacije koja u Odjel za licenciranje mora stići do 01. travnja.
Za pripremu dokumentacije i eventualna dodatna pojašnjenja u ispunjavanju uvjeta za dobivanje licenci, klubovi mogu kontaktirati stručnjake za pojedina područja koji su imenovani i djeluju u okviru Odjela za licenciranje.
Novim Pravilnikom o licenciranju klubova HNS-a kojeg je Izvršni odbor HNS-a donio na sjednici održanoj 21. prosinca 2012. godine malo su izmijenjeni rokovi u donošenju odluka po podnijetim molbama u odnosu na prethodnu godinu. Tako je utvrđeno da Komisija za licenciranje klubovima koji u potpunosti izvrše sve obveze iz pet kriterija (sportski, infrastrukturni, kriterij administracije i stručnog osoblja, pravni i financijski) licencu dodijeli do 20. travnja za natjecanje UEFA-e, Prve i Druge HNL.
Oni koji ne ispune sve uvjete u prvom stupnju biti će o tome obaviješteni do 23. travnja te će dobiti uputstvo za pokretanje žalbenog postupka i mogućnosti dokazivanja ispunjenja pojedinog kriterija. Žalbe će klubovi moći uputiti do 05. svibnja 2013.
Žalbeno tijelo Odjela za licenciranje konačnu odluku o izdavanju ili neizdavanju licence pojedinom klubu za sudjelovanjem u natjecanjima UEFA, Prvoj i Drugoj HNL mora donijeti do 20. svibnja 2013. godine.
Rukovoditelj licenciranja dužan je pet dana nakon isteka roka za donošenje konačnih odluka, o popisu klubova koji su dobili licencu za pojedino natjecanje, obavijestiti UEFA-u, Natjecateljsku komisiju HNS-a i rukovodstvo Prve i Druge HNL.
Odgovorni u klubovima prije podnošenja molbe za licencu moraju biti sigurni da će klub moći preuzeti i izvršavati obveze tog ranga natjecanja u slijedećoj natjecateljskoj godini budući da podnošenjem molbe klub preuzima i obvezu sudjelovanja u natjecanju. Ta obveza definirana je u članku 15. st.3. Pravilnika o licenciranju klubova: "Podnošenjem molbe za licencu za pojedino natjecanje, tražitelj licence se obvezuje sudjelovati u natjecanju za koje mu bude izdana licenca."
Novi Pravilnik o licenciranju klubova HNS-a objavljen je u službenom glasilu HNS-a, Glasnik br 55 od 26.12.2012. godine, a može se pronaći i na internetskoj stranici Hrvatskog nogometnog saveza (hns-cff.hr).